ارزیابی روش touchdown nested pcr برای جلوگیری از اتصالات غیر اختصاصی و افزایش اختصاصیت در تکثیر ژنی ویروس های نقص ایمنی انسان و هپاتیت جی

مقدمه و هدف: یکی ازپارامترهای مهمی که درواکنش زنجیره ای پلی مراز آشیانه ای برای بهینه سازی می توان در نظر گرفت، دمای دورگه شدن پرایمر با dna الگو میباشد. یکی از تغییرات صورت گرفته در روش واکنش زنجیره ای پلی مراز معمولی استفاده از روش touchdown pcr است که بر خلاف برنامه واکنش زنجیره ای پلی مراز معمولی و استاندارد که از یک دمای اتصال ثابت برای تکثیر توالی استفاده می شود، در این روش محدوده ای از درجه حرارت های اتصال استفاده می شود. مطالعه حاضر به منظور ازریابی کارایی روش touchdown nested pcr برای جلوگیری از اتصالات غیر اختصاصی و افزایش اختصاصیت در تکثیر ژنی طراحی و انجام شد. مواد و روش ها: این یک مطالعه تجربی است که طی سال های 1388 ـ 1387 در دانشگاه تربیت مدرس انجام شد. نمونه های جمعیت مورد بررسی در این مطالعه، 35 مورد پلاسمای بیماران آلوده به ویروس هپاتیت جی و 35 مورد پلاسمای بیماران آلوده به ویروس نقض ایمنی انسان بودند . بعد از استخراج اسید نوکلئیک، طراحی پرایمرهای مورد نظر برای دو ویروس نقص ایمنی انسان و هپاتیت جی و ساخت cdna ، روش واکنش زنجیره ای پلی مراز آشیانه ای به دو صورت استاندارد و touchdown بر روی نمونه های کنترل مثبت و منفی انجام شد. یافته ها: در تمامی نمونه های مثبت باند مورد نظر مشاهده شد، در حالی که در هیچ یک از نمونه های کنترل منفی انسانی و ویروسی هیچ باندی مشاهده نشد. در نمونه های مثبت با روش استاندارد، پس از الکتروفورز محصولات واکنش زنجیره ای پلی مراز، باندهای غیر اختصاصی به ویژه در نمونه های ویروس نقص ایمنی انسان و به مقدار کمتری در نمونه های ویروس هپاتیت جی مشاهده شد. پس از اجرای پروسه touchdown میزان باندهای ناخواسته و غیر اختصاصی، تا حد زیادی کاهش یافت و یا کاملاً حذف شد. نتیجه گیری: در مطالعه حاضر علی رغم شکل گیری باندهای ناخواسته در واکنش استاندارد، با اجرای پروسه touchdown باندهای اضافی بدون این که اثر منفی در میزان محصول نهایی ایجاد شود، به میزان قابل توجهی کاهش یافتند. با توجه به سادگی این روش و نیز عدم ایجاد هزینه و مراحل کاری اضافی به نظر می رسد که استفاده از این پروتکل برای بهینه سازی سریع واکنش های زنجیره ای پلی مراز، روشی منطقی و به صرفه باشد.